美国联邦政府以冻结联邦经费为要挟，要求多所高校进行整改。哈佛大学选择对抗。继哈佛教授团体将美国政府告上法庭后，哈佛校长艾伦·加伯发表公开信，拒绝整改，指责联邦政府无理干预该校的教学、招生和管理等事务。美国政府随即宣布冻结该校约22.6亿美元的联邦经费。

加伯在向全校人员发出的公开信中表示，校方拒绝政府提出的多项整改要求，不会牺牲独立性，也不会放弃宪法赋予的权利。他认为联邦政府不应干涉私立大学的教学内容、招生政策以及研究内容。几小时后，美国政府宣布冻结给哈佛的22亿美元拨款和6000万美元项目合同款项，并警告如果哈佛继续抗命，可能还会危及正在接受审查的60多亿美元联邦经费的拨付。

针对政府的整改命令和断供威胁，一些哈佛校友呼吁拒绝接受危及大学自治权的要求，并号召发起法律抗争。美国大学教授协会及其哈佛分会已向波士顿一家联邦法院提起诉讼，要求阻止特朗普政府重新审查对哈佛总额近90亿美元的联邦资助项目。美国司法部将代表政府进行抗辩。

据报道，特朗普政府已冻结了对七所顶尖高校的联邦资助，包括哥伦比亚大学、宾夕法尼亚大学、布朗大学、普林斯顿大学、康奈尔大学和西北大学。这些学校因参与抗议以色列在巴勒斯坦加沙地带军事行动而被指控纵容反犹主义。特朗普政府援引1964年《民权法》中的反歧视条款，认定哈佛大学纵容校内反犹主义活动并推行不符合政府政策的多元化、平等、包容项目，要求重新审查对哈佛的联邦资助项目。教育部、卫生与公共服务部和总务管理局勒令哈佛根据政府要求进行多项整改，如禁止校园抗议活动参与者戴面罩、废止多元化项目、配合执法机关行动等，以换取恢复87亿美元拨款及2.556亿美元的项目合同。这一举措被视为特朗普政府施压大型学术机构服从其政治议程的方式之一。

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